Le jeudi 16 août, les corps des trois passagers de l'avion piloté par le journaliste Gérard Leclerc, retrouvé écrasé la veille, ont été retrouvés dans la zone marécageuse où l'accident s'est produit. Les recherches ont duré presque 24 heures dans cette zone soumise à de forts courants. Les secours ont réussi à récupérer les débris de l'avion ainsi que les corps immergés des deux passagers. Le corps masculin a été identifié comme celui de Gérard Leclerc, grâce à ses effets personnels retrouvés. Le troisième corps, dont le genre n'a pas pu être déterminé, a également été partiellement récupéré. Les enquêteurs sont entrés en contact avec les familles des trois personnes à bord. Les deux corps ont subi de multiples fractures et des autopsies ainsi que des analyses ADN seront réalisées pour une identification formelle des victimes. Pour l'instant, la piste privilégiée est celle d'un problème humain ou mécanique.
Gérard Leclerc avait décollé de l'aéroport de Loudun, dans la Vienne, le 15 août à 11h07 pour se rendre à La Baule. Pilote chevronné et membre de l'aéroclub depuis plus de 15 ans, il n'y avait pas de difficultés particulières prévues pour ce vol. Les recherches ont été rendues compliquées par la complexité du milieu naturel dans lequel s'est produit l'accident.
L'avion a été repéré dans l'après-midi par deux chasseurs du marais, qui connaissaient bien la Loire. Ils l'ont signalé aux pompiers et ont aidé à l'amarrage de l'épave pour éviter qu'elle ne dérive. Une première plongée a permis de repérer un corps, mais la visibilité était trop mauvaise pour déterminer si les autres passagers étaient également dans l'avion. L'avion était immergé sous plusieurs mètres d'eau dans un secteur de l'estuaire de Loire où les courants étaient violents. Les recherches avaient dû être interrompues la veille à cause de ces courants puissants.
Les recherches ont repris pendant la nuit et se sont poursuivies le mercredi 16 août. Une cinquantaine de gendarmes étaient toujours sur le terrain, avec des moyens venus de toute la région. Des embarcations ont été utilisées pour fouiller la Loire et les étiers, tandis qu'une équipe de plongeurs a mené des investigations sous-marines dans une zone à faible visibilité à cause des sédiments et des roseaux. L'enquête sur les causes de l'accident a été confiée à la brigade de gendarmerie du transport aérien en collaboration avec le Bureau d'Enquête et d'Analyses (BEA) chargé des investigations techniques.
Gérard Leclerc se rendait à La Baule pour assister à un concert de son frère Julien Clerc. À la demande de l'artiste, la scène a été montée et le spectacle a été maintenu. Gérard Leclerc a travaillé pendant plus de 25 ans pour France Télévisions après avoir débuté à la radio sur Europe 1 et RMC. Il était une figure de France 2 avant de devenir rédacteur en chef du service politique de France 3. Il a ensuite été président de La Chaîne Parlementaire-Assemblée Nationale jusqu'en 2015. Depuis 2017, il était éditorialiste sur CNews.